知名製药公司-泰达罗斯（Daidalos）的总部发生了一场爆炸案，一个少年被困在崩落的钢架中无法脱身，生命危在旦夕。此时，在以不追究无照医疗行为的条件下，黑杰克进行了一场任谁都无法想像的「外科手术」…
同一灾难引发了另一场悲剧：一位母亲身受重伤而全身瘫痪，为了不拖累子女，她找来有「死神化身」之称的奇利柯医生以求安乐死。另一方面，他的孩子为了救母亲，日以继夜打工存钱，希望黑杰克为母亲动手术。看著他们的身影，黑杰克不自觉想起自身的遭遇…
两位医师，一位要致死，一位要救命，就在秘密之岛「伊卡洛斯岛」上，黑杰克与奇利柯将展开一场生死攸关的衝击性对决。爆炸事件的内幕为何？系列史上的最大危机，正一步步向这位天才外科医生逼近！ 

■ 特别加映 

皮诺可、拉格与众多可爱的森林动物们，冒险开始！！
为了要替黑杰克送东西，皮诺可在森林裡迷路了。慌张失措之际，她发现森林中有动物受了伤，情况非常紧急，皮诺可便代替黑杰克为动物们进行治疗。最后，皮诺可还和动物们合作，开始了一场救助行动。
可爱的皮诺可会在这次冒险遭遇到什麽事情呢？敬请期待这次特别製作的─「Dr.皮诺可的森林冒险」喔！ 

■ 关于本片
创作出「原子小金钢」、「丛林大帝」、「火之鸟」…等无数名作的漫画之神─手塚治虫，其诸多作品中被誉为经典的「怪医黑杰克」，全新电影版力作即将登上全台戏院！
1973年问世的「怪医黑杰克」＝B?J，在「週刊少年CHAMPION」以一部主题为「生命」的人性故事开始，呈现出崭新的世界观与故事内容。极短时间之内，日本境内掀起了黑杰克风潮，「怪医黑杰克」获得极为广大的支持，并以故事型漫画金字塔之顶的地位留名后世。
2004年开播的TV版系列，由手塚治虫之子手塚担任监督，在为这不朽名作灌注新生命的同时，也吸引到更多的新世代B?J爱好者。紧接著，2005年12月，手塚更亲自为B?J系列增加了原创观点，于是，一部电视无法呈现的大规格製作-「剧场版B?J」得以诞生。剧场版最引人注目之处在于B?J系列中最强的劲敌─奇利柯医生的登场，一场赌上性命的衝击性对决即将展开！