经过了数千年，太阳神阿波罗再次复活，他带领着他的神斗士以及用神力使在十二宫中死去而复活的黄金圣斗士来到了陆地。他决心要发动大洪水，重新创造一个属于神的世界。他主动邀请雅典娜一起统治新的世界。沙织假装同意，但是伺机暗杀阿波罗，未果，反而被杀。修罗和卡妙首先发难，却被三名神斗士围攻，不敌而亡。

星矢知道雅典娜已死，于是，来太阳神殿找阿波罗算账，途中遇到了紫龙、冰河、瞬和一辉。终于在黄金圣斗士的帮助下，五人来到了阿波罗神殿，星矢穿上人马座黄金圣衣，而紫龙及冰河也分别穿上他们师父的天秤座及水瓶座黄金圣衣。但在阿波罗的攻击下，只有矢避开了。星矢虽然不能伤到阿波罗，但却以小宇宙的力量救回了雅典娜。星矢重新振作，发挥超越神的力量，一箭射倒了阿波罗。这颗巨大的太阳，最终也落下去了。